Не ясно, зачем после приклеивания паркет выдерживался 3 недели до покрытия лаком. Максимальное время высыхания клея – неделя. После этого паркет циклюют и покрывают лаком. В Вашем случае паркет лежал незащищенный лаковой пленкой в жаркую погоду. Произошло естественное усыхание дерева. Потом стали покрывать лаком, и паркет увлажнился, что и вызвало деформацию планок. Если это визуально не вызывает ощущения дисгармонии и, в принципе, незаметно, можно оставить как есть. Но конечно же, это нарушение технологии.