Скорее всего доска уложенная через подложку на такое основания будет прогибаться под ногами в местах провалов и есествено скрипеть. Разумеется можно придумать массу способов как-то выровнить паркет, но ни одного технологичного варианта с гарантированным результатом нам не известно. Поэтому, если Вы не готовы к снятию покрытия полностью, нужно или оставлять все как есть или укладывать доску на свой страх и риск. Со скрипом, если он появится, придется смириться.