К сожалению устранить какие-либо неровности путем укладки фанеры не получится. Да и это было бы странно - ведь фанеру-то вы укладываете на те же самые неровности, они никуда не денуться. Фанера будет прогибаться в этих местах и пол будет зыбким. Если говорить про качественную, технологичную, укладку, то линолеум нужно снять и выровнить основание. Только после этого класть подложку и ламинат.
В принципе многих устраивает ламинат уложенный на не очень ровное основание, когда перепады незначительные и это не заметно при хотьбе. Только нужно помнить, что если ламинат все-таки "гуляет" вверх-вниз под нагрузкой, то рано или поздно он начнет скрипеть...