Мы не рекомендуем Вам пристреливать дюбелями фанеру вообще. Лучшим способом будет прикрепить фанеру к основанию саморезами, предварительно просверлив в основании отверстия под дюбеля. При этом в значительной мере снижается риск растрескивания стяжки.
Но не качественная стяжка может быть причиной возникновения проблем при последующей эксплуатации полового покрытия.