В таких случаях используется шпаклевка - смесь древесной пыли, полученной при шлифовке Вашего паркета и специального связующего. Обычно шпаклевка производится перед последней шлифовкой, но, если щели очень большие (2-3мм) можно с начать шпаклевать более крупной фракцией древесной пыли и сделать несколько шлифовок со шпаклевкой. В таком случае шпаклевка не даст усадки в щелях при высыхании.